職業技術教育中心研究所是在改革開放后，中國進入經濟快速發展階段和教育改革處在關鍵時期，國家為加強對全國職業技術教育的統籌規劃和管理，在原國務院總理李鵬同志關心支持下，在原國務委員兼國家教委主任李鐵映同志的直接指示和直接領導下，由德國政府提供資助建立。1990年4月，人事部批復國家教育委員會和勞動部，同意設立“職業技術教育中心研究所”。1990年5月，國家教委、勞動部和德國經濟合作部共同簽署了協議。1990年7月10日，職業技術教育中心研究所在北京成立，國務委員兼國家教委主任李鐵映、國家教委副主任何東昌、勞動部部長阮崇武、副部長李沛瑤、經貿部副部長李嵐清和德國經濟合作部國務秘書冷格耳一行參加典禮。第一任所長由國家教委副主任王明達同志兼任，副所長由勞動部副部長李沛瑤同志兼任。第一任德國專家組長為漢斯·威廉姆·托美（Hans Wilhelm Thome)。

1993年3月，中央編委批復同意“職業技術教育中心研究所”領導管理體制調整。1993年11月，中央教育科學研究所職業技術教育研究室建制撤銷，合并到職業技術教育中心研究所。1996年7月，國家教委印發了《國家教委職業技術教育中心研究所機構改革實施方案》。1998年10月，中編辦批復確定“國家教委職業技術教育中心研究所”更名為“教育部職業技術教育中心研究所”。

經過20多年的努力，教育部職業技術教育中心研究所發展成為集決策咨詢、科研協調、教學研究、師資培訓、信息宣傳、交流合作、項目開發等多功能的國家級職業教育綜合性研究、咨詢與服務機構。